Tài liệu đầu tiên nói về đảo Mandø là từ năm 1231.[1] Ý nghĩa của tên nguyên thủy Mannæø hoặc Mannø thường được tranh cãi. Theo 1 lời giải thích thì tên này có nghĩa là đảo của đàn ông.[1] Cũng có cách giải thích khác cho rằng tên đảo là nơi chôn cất những nạn nhân bị đắm tàu như nhiều đảo nhỏ của Thụy Điển cũng mang tên tương tự.[2] Cách giải thích thứ ba cho rằng từ Mandø phái sinh từ tên Manni.[3]

Một sổ địa phương Avia Ripensis (tiếng Đan Mạch: Ribe Oldemoder), cho biết đảo có 1 nhà thờ từ năm 1340.[1] Ngôi nhà thờ hiện nay được xây từ năm 1727. Cho tới năm 1741, đảo thuộc sở hữu của nhà vua Đan Mạch, sau đó dân trên đảo đã mua đất trong 1 cuộc bán đấu giá.[4] Cuộc điều tra dân số năm 1890 cho biết đảo có 262 cư dân, nhưng đến nay chỉ còn khoảng 60 người.[4]